教育臨床総合センターは、愛知教育大学教育創造開発機構が設立した５つの専門センターのうちのひとつとして2009年10月に設置されました。当センターでは、その前身である教育実践総合センターと障害児治療教育センターの役割を引き継ぎながら、より教育臨床領域の専門性を重視した活動を行っています。
さらに、2015年5月には、教育創造開発機構は廃止され、各専門センターはあらたに組織改編されました。そのうちのひとつとして、教育臨床総合センターは存続し、「こころの支援研究部門（心理教育相談室含む）」と「そだちの支援研究部門（発達支援相談室含む）」のふたつの部門を抱え、教育臨床総合センター委員会にて、以下の「活動の指針」に則った専門的活動を行っています。